De gedroogde Guajillo-peper heeft een uitgesproken fruitige smaak, met tonen van bessen en groene thee. In vergelijking met andere gedroogde pepers is de Guajillo mild qua pittigheid, waardoor hij veel gebruikt wordt als smaakmaker in diverse gerechten. Zo is de Guajillo een belangrijk ingrediënt in barbecuesauzen, chorizo en mole.

In de Mexicaanse keuken vormt de Guajillo, samen met de Pasilla en Ancho, de "heilige drie-eenheid" van gedroogde pepers. Alle drie worden ze gebruikt in traditionele mole-sauzen en spelen ze een belangrijke rol in de smaak van vele sauzen, salsa’s en soepen.